超声波清洗机的控制系统操作主要包括以下步骤：

1. 启动设备：首先，确保设备已经连接到可靠的电源，并接通电源。然后，打开超声波清洗机的电源开关。

2. 设置参数：根据清洗物品的特点和需求，设置超声波清洗的温度、超声波清洗时间及除气时间等参数。一般来说，清洗温度设置在35~45℃之间，超声清洗时间常用值为3-5分钟，可根据器械污染情况适当延长清洗时间，但不宜超过10分钟。除气时间常用值为5-20分钟。这些参数的设置可以通过功能选择键和显示设置键完成。

3. 开始清洗：设置好参数后，按运行键，超声波清洗机开始按照设定的参数进行加热、超声清洗和除气等过程。

在操作过程中，需要注意的是，能使用的清洁剂，并且当清洗槽无清洗液时，不能启动设备。对于较长物品，可以分段清洗。另外，设备的控制面板可能会显示当前的工作状态和参数，方便用户监控和调整。

总的来说，超声波清洗机的控制系统操作相对简单，只需要按照设定的步骤进行即可。但在操作过程中，需要注意安全和设备的维护，以确保设备的正常运行和清洗效果。